目前，有機(jī)肥料無害化處理主要有物理方法、化學(xué)方法和生物方法三種。物理方法如曝曬、高溫處理等，化學(xué)方法是用化學(xué)物質(zhì)除害（在有機(jī)食品生產(chǎn)中不能采用），生物方法如接菌后的堆腐和漚制等。
一、物理方法
1.暴曬法：就是利用太陽光中紫外線的殺傷作用，清除有機(jī)肥料中的病毒、寄生蟲、惡臭物質(zhì)等，如秸稈肥還田前、堆肥堆制前、畜禽肥出圈后、沼渣肥施用前、人糞尿施用前的曝曬處理等。該方法簡(jiǎn)便易行，省工省時(shí)，但養(yǎng)分損失大，易污染環(huán)境，且處理效果較差。
2.高溫處理法：主要適用于堆肥，是利用有機(jī)物質(zhì)分解釋放出的能量來提高溫度，以殺死肥料中的病蟲。高溫堆肥應(yīng)掌握以下技術(shù)條件：
（1）堆制堆肥要求含水量是干材料的60%～75%，即用手緊握材料時(shí)能有水滴擠出，表示水分適度。
（2）在堆肥堆制前期，要保持良好的通氣條件，必要時(shí)可設(shè)通氣塔、通氣溝等，后期要保持厭氣條件，可拆除通氣塔、堵塞通氣溝等，可壓緊、封泥，以保存養(yǎng)分和促進(jìn)腐殖質(zhì)的積累。
（3）堆肥內(nèi)部溫度可控制在50～60℃。當(dāng)溫度高于65℃時(shí)，可翻堆或加水降溫，以利于氮素的保存。
（4）要求堆肥材料的碳氮比為25∶1，以有利于微生物對(duì)有機(jī)物質(zhì)的分解。
（5）控制適宜的pH值。在堆制堆肥時(shí)，每50公斤秸稈加入1～1.5公斤的石灰等堿性物質(zhì)，以將堆肥的pH值調(diào)節(jié)在7.5左右。高溫堆肥的衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)是蛔蟲卵死亡率達(dá)95%～100%，有效控制蒼蠅孳生，堆肥周圍沒有活的蛆、蛹或新羽化的成蠅
二、生物方法
利用生物方法對(duì)有機(jī)肥料進(jìn)行無害化處理，新概念肥是什么肥料在有機(jī)食品生產(chǎn)過程中常采用。由于使用的微生物不同，有機(jī)肥無害化處理的堆、漚方法也有很多。
1.“301”菌劑堆肥
“301”菌劑具有生長(zhǎng)周期短、繁殖快、易培養(yǎng)的特點(diǎn)。使用“301”菌劑，可在短時(shí)間內(nèi)使秸稈充分腐熟成秸稈肥，殺除病菌、害蟲、草籽，還田后培肥地力，增產(chǎn)效果顯著。堆腐要點(diǎn)是“喝足、吃飽、蓋嚴(yán)”。喝足即秸稈必須充分濕透，水分充足是纖維素水解的關(guān)鍵。吃飽即要用足“301”菌劑和尿素。堆制時(shí)，將濕透的秸稈分三層堆積，一、二層各厚50～60厘米，第三層厚30～40厘米，在各層上部撒上“301”菌劑和尿素，用量比自下而上為4∶4∶2。蓋嚴(yán)，即堆積結(jié)束后，做好泥封，若冬季堆積，堆頂可蓋地膜增溫，或在堆內(nèi)加少量驢糞、馬糞，以利前期提溫。
2.催腐劑堆肥
堆制技術(shù)要領(lǐng)是“水足、藥勻、封嚴(yán)”。水足：按秸稈與水1∶1.7的比例，使秸稈濕透，確保發(fā)酵期的水分需要。藥勻：按濕透后的秸稈量的0.12%施足催腐劑，用噴霧器均勻噴施，邊噴邊拌。封嚴(yán)：將施藥后的秸稈堆垛成寬1.5米、高1米的秸稈堆，拍實(shí)，用土和泥密封，泥厚2厘米。
3.酵素菌堆肥
原料配比是秸稈∶麩皮∶鈣鎂磷肥∶酵素菌擴(kuò)大菌∶紅糖∶干雞糞=50∶6∶1∶0.8∶0.1∶20（是原料公斤數(shù)，不是百分比）。將麩皮、鈣鎂磷肥、紅糖、酵素菌擴(kuò)大菌摻混均勻后，再和雞糞一起依次撒在用水濕透的秸稈上，拌勻后堆于池內(nèi)，稍微鎮(zhèn)壓，每天觀察堆肥的溫度、濕度。適宜的堆溫為60～65℃，濕度為50%～60%。堆肥呈黑褐色腐爛狀態(tài)且有光澤無任何異味時(shí)，即說明酵素菌堆肥堆制完成。
4.EM多功能發(fā)酵菌堆腐法
把各種有機(jī)肥源如米糠、稻殼和麥秸（粉碎品）充分拌和均勻→調(diào)整含水率30%～40%→將材料平鋪高度20～30厘米→均勻噴灑“EM多功能發(fā)酵菌”→上面蓋透明的聚乙烯薄膜→溫度達(dá)到45～60℃時(shí)翻動(dòng)3～4次→產(chǎn)生白色絮狀毛，無臭氣，即為發(fā)酵完成。夏天3～5天可完成，春季10～15天可完成，冬天適當(dāng)加50℃的溫水以加快完成。發(fā)酵完成后仍要堆放數(shù)周后再施用，這樣可以把病原菌、蟲卵、草籽殺滅，把臭氣除去，同時(shí)可使肥料腐熟，提高肥效。
5.自制發(fā)酵催熟堆腐法
按米糠重量14.5%、油粕14%、豆渣13%、糖類8%、水50%、酵母菌0.5%的比例，先將糖類放在水中攪拌溶解，然后加入米糠、豆渣、油粕和酵母粉，在30℃左右的溫度中進(jìn)行45天的發(fā)酵，后用草木灰按1∶1的比例摻混稀釋，攪拌均勻，即制成堆肥催熟粉。將糞便與稻草等膨松物按10∶1的比例混合后，每100公斤混合肥中加入1公斤催熟粉進(jìn)行堆腐。堆積10天進(jìn)行1次翻混，再隔10天進(jìn)行第二次翻混，再過一周，堆肥熟化即完成。
有機(jī)肥料的無害化處理是環(huán)保型農(nóng)業(yè)的需要，也是可持續(xù)發(fā)展農(nóng)業(yè)的需要。進(jìn)行肥料的無害化處理時(shí)，應(yīng)按照中國(guó)農(nóng)業(yè)網(wǎng)提出的因地制宜，遵循無毒、無害、無污染的原則，采用合理的處理方法，切不可造成新的毒害和新的污染。